两种U盘的格式化系统区别主要在文件系统类型和单个文件容量大小上。下面是详细介绍：

一、文件系统类型的区别

1、FAT32 文件系统，FAT32使用4个字节(也就是32位)的空间来表示每个扇区(Sector)配置文件的情形，故称之为FAT32，其分区容量下限是 512MB，不同操作系统的上限不同;

2、exFAT 文件系统是Microsoft在WindowsEmbeded 5.0以上(包括WindowsCE 5.0、6.0、WindowsMobile5、6、6.1)中引入的一种适合于闪存的文件系统，解决了FAT系统的存储格式，也没有采用NTFS分区的【日志式】文件系统，比较适合闪存保存截止使用;

二、单个文件容量的区别

1、大多数优盘在格式化时选用FAT32为默认文件系统，但文件大小上限为4GB;

2、exFAT单文件大小最大理论容量可达16EB，相当于16×1024×1024TB;同一目录下最大文件数可达2,796,202个。